WES Testi İstanbul Laboratuvarı
Tüm Ekzom Dizi Analizi ve Tüm Genom Dizilimi Nedir?
(Whole Exome Sequencing-WES)
DNA dizilimi şeklinde adlandırılan, kişinin genetik kodundaki DNA yapı taşlarının (nükleotidler) sıralamasının belirlenmesi, genetik çalışmaları ilerletmiştir ve genetik bozuklukların test edilmesinde kullanılan bir tekniktir. Genetik varyasyonları tanımlamak için ikiyöntem, tüm ekzom dizilemesi WES ve bütün genom dizilemesi, sağlık hizmetlerinde ve araştırmalarda giderek daha fazla kullanılmaktadır; Her iki yöntem de büyük miktarlarda DNA’nın hızlı sekanslanmasını sağlayan yeni teknolojilere dayanır. Bu yaklaşımlar, gelecek nesil dizileme (veya sonraki gen dizilemesi) olarak bilinir.
Sanger dizilimi olarak adlandırılan orijinal sıralama teknolojisi (Bunu geliştiren bilim adamının adı, Frederick Sanger), bilim insanlarının insan genetik kodunu belirlemesine yardımcı olan bir atılımdı, ama zaman alıcı ve pahalıydı. Sanger yöntemi daha hızlı hale getirmek için otomatikleştirildi ve günümüzde laboratuvarlarda kısa DNA parçalarını sıralamak için kullanılıyordu, ancak bir kişinin DNA’sını (kişinin genomu olarak bilinen) sıralamak yıllar alacaktı. Yeni nesil sıralama, maliyeti düşürürken (yalnızca bir insan genomunu sıralamak için haftalar ila günler alarak) süreci hızlandırdı.
Yeni nesil dizileme ile artık, DNA’ların büyük miktarlarda dizilimi, örneğin bireyin DNA’sının protein üretmek için talimat veren tüm parçalarını sıralamak mümkündür. Eksonlar olarak adlandırılan bu parçaların, bir kişinin genomunun yüzde 1’ini oluşturduğu düşünülmektedir. Birlikte, bir genomdaki tüm eksonlar, exome olarak bilinir ve bunları dizme yöntemi, bütün ekzom dizilemesi olarak bilinir. Bu yöntem, sadece bir kaç genden ziyade, herhangi bir genin protein kodlama bölgesinde varyasyonlara izin verir. Hastalığa neden olan bilinen mutasyonların çoğu, eksonlarda meydana geldiğinden, tüm ekzom dizilemesinin, hastalığa neden olan muhtemel mutasyonları tanımlamak için etkili bir yöntem olduğu düşünülmektedir.
Ancak araştırmacılar, ekzom dışındaki DNA varyasyonlarının gen aktivitesini ve protein üretimini etkileyebileceğini ve genetik bozukluklara yol açabileceğini bulmuşlardır – tüm ekzom dizilemenin kaçıracağı çeşitlemeler. Tüm genom dizilemesi olarak adlandırılan başka bir yöntem, bir bireyin DNA’sındaki tüm nükleotitlerin sırasını belirler ve genomun herhangi bir kısmındaki varyasyonları belirleyebilir.
Seçilmiş gen dizilemesinden daha fazla genetik değişiklik tüm exome ve bütün genom dizilimi ile tanımlanabilirken, bu bilgilerin çoğunun önemi bilinmemektedir. Tüm genetik değişiklikler sağlığını etkilemediği için, tanımlanmış varyantların ilgilenilen duruma dahil olup olmadığını bilmek zordur. Bazen, tanımlanmış bir varyant henüz teşhis edilmemiş farklı bir genetik bozuklukla ilişkilidir (bunlar tesadüfi veya ikincil bulgular olarak adlandırılır ).
Klinikte kullanılmaya ek olarak, tüm ekzom ve bütün genom dizilemesi araştırmacılar için değerli yöntemlerdir. Ekzom ve genom dizilerinin devam eden çalışması, yeni genetik varyasyonların, gelecekte hastalık teşhisine yardımcı olacak sağlık koşullarıyla ilişkili olup olmadığını belirlemeye yardımcı olabilir.
Neden WES ?
Bilinen veya şüphe edilen bir genetik bozukluğu olan hastalarda moleküler tanının belirlenmesi;
Doğal tarihin / prognozun daha iyi anlaşılması
-Kararlı yönetim (beklenti rehberliği, yönetim değişiklikleri, spesifik terapiler)
Risk altındaki aile üyelerini tahmin etme testi
Kardeşler veya diğer akrabalarda hastalığın test edilmesi ve dışlanması
-Gerçek risk değerlendirmesi
-Yeniden karar verme
Spesifik sendromlar için önceki genetik testlerin negatif olduğu hastalar için ikinci aşama testi olarak hizmet etmek
Çoklu bağımsız moleküler analizlere kıyasla moleküler bir tanı koymak için potansiyel olarak uygun maliyetli bir alternatif sağlamak
Genetik Test Bilgisi
Bu test, gelecek nesil sekanslama kullanılarak yaklaşık 23.000 genin kodlama bölgelerinde germ hattı mutasyonları için şüphelenilen genetik bozuklukları olan hastaları değerlendirmektedir. Bu test, numunelerin hastadan, hastanın biyolojik anasından ve hastanın biyolojik babasından (üçlü analiz) ibraz edilmesini gerektirir.
Test Algoritması
Tam kan numuneleri hastanın biyolojik ebeveynlerinden alınmalı ve hastanın sonuçlarının analizi için gereklidir. Bu örneklerin analizi, hasta testinin liste fiyatına dahil edilir ve ebeveyn örneklerine ek ücretler uygulanmaz.
Hastanın rapor edilen fenotipiyle ilişkili varyantların analizine ek olarak, Amerikan Tıbbi Genetik ve Genomik Klinik (ACMG) önerilerine dahil edilen genlerdeki raporlanabilir ikincil bulguların analizi de dahil edilecektir. (1) Hastalar bunları almayı tercih edebilirler. Test sonuçları.
Hasta Bilgilerini ve Bilgilendirilmiş Onam formlarını doldurun ve örnek ile birlikte laboratuara gönderin. Formlar Tüm Exome Sıralamalarında yer alır: Özel Talimatlarda Kontrol Listesi, Hasta Bilgileri ve Bilgilendirilmiş Onay formları. Tamamlanan formlar ayrıca tüm exome dizileme- WES genetik danışmanlarımıza doğrudan mail olarak yollanabilir.
Tüm Exome Sıralamalarına (WES) bakınız: Ek bilgiler için Özel Talimatlarda Sağlayıcılar için Sorular ve Cevaplar.
Sanger dizilemesi sonuçların doğrulanması için yapılabilir.
Klinik bilgi
Genetik bozukluktan şüphelenilen birçok hasta, gelişimsel gecikme ve dismorfik özellikler gibi altta yatan bir genetik etiyolojiyi düşündüren bir fenotip olmasına rağmen, tanı koymadan kalır. Bu tanısal odyssey hastaları, daha önce karyotip, kromozomal mikrodizi ve çeşitli tek veya çok sayıda testler dahil olmak üzere çok sayıda negatif veya sonuçsuz genetik testlere sahiptir. Spesifik bir teşhisin tanımlanması, bir durumun doğal tarihini anlamada, tıbbi yönetimi hedeflemede ve aile üyelerine durumun kalıtım paterni ve nüks riskleri hakkında bilgi sağlamaya yardımcı olabilir.
Bu test, eş zamanlı olarak yaklaşık 23.000 genin kodlama bölgeleri (ekzonlar) içindeki varyantları değerlendirmek için yeni nesil sıralama teknolojisi kullanmaktadır. Hastanın biyolojik ebeveynleri mevcut olmalıdır ve karşılaştırma amacıyla kullanılan bir kan örneği sağlayabilmelidir. Yayınlanmış raporlara dayanarak, vakaların yaklaşık% 25 ila% 37’sinde üçlü esaslı bütün exome dizilemede bir tanı belirlenir. (2-4)
Tüm exome dizilemeye yönelik endikasyonlar, bunlarla sınırlı olmamakla birlikte (5):
– Altta yatan bir genetik nedene güçlü bir şekilde işaret eden bir fenotip ve / veya aile öyküsü olan hastaya rağmen, bu fenotip için genetik testler bir tanıya ulaşmayı başaramadı (tanısal odyssey hastası)
– Altta yatan bir genetik nedene güçlü bir şekilde işaret eden bir fenotip ve / veya aile öyküsü olan hasta, ancak fenotip bir spesifik bozukluğa uymaz (değerlendirme için çok sayıda bireysel genetik test gerekli olacaktır)
Çok sayıda genetik nedene sahip şüpheli bir genetik bozukluğu olan hastaya, birçok genin analizini aynı anda tek gen testinden daha pratik bir yaklaşım haline getirmek (koşul genetik olarak heterojen)
-Özel moleküler genetik testin henüz mevcut olmadığı şüpheli bir genetik bozukluğu olan hasta
Tüm Exome Sıralamalarına (WES) için fiyat sorunuz: 444 7 522
Referans Değerleri
Hastanın bildirilen klinik özellikleri, muhtemelen hastanın rapor edilen klinik özellikleriyle ilgili varyantlar, belirsiz önemdeki genlerdeki varyantlar (GUS) ve tıbbi olarak uygulanabilir ikincil bulgular (hasta tercih etmediği sürece) olası değişkenleri içeren bir yorumlama raporu şeklinde hazırlanır.
Yorum
Tespit edilen tüm varyantlar Dünyadaki Tıbbi Genetik ve Genomik Birimlerinin önerilerine göre değerlendirilir. Varyantlar bilinen, tahmin edilen veya olası patojeniteye göre sınıflandırılır ve yorumlayıcı yorumları ve / veya potansiyel veya bilinen önemi hakkında ayrıntılı bilgi veren verilerle raporlar
Tıbbi olarak uygulanabilir ikincil bulguları kabul eden hastalar tarafından önerilen patojenik ve muhtemelen patojenik varyantlar için değerlendirilirler. Bu genlerdeki belirsiz anlamlılık varyantları bildirilmemiştir. Raporlanabilir varyantların ebeveyn kökeni belirtilmiştir. Bir ebeveynde bulunan ancak probandtan yoksun olan varyantlar değerlendirilmez.
Raporlanabilir bir ikincil bulgunun olmaması, bu genlerde patojenik veya muhtemel patojenik varyantların olmadığını garanti etmez, çünkü genlerin kısımları bu test metodolojisi tarafından yeterince kapsamayabilir. Bir hasta bu sonuçları almayı tercih ederse, bu varyantlar klinik olarak hastanın sunumu ile bağlantılı olan bir gende meydana gelmedikçe rapor edilmeyecektir.
Dikkat Edilecek Hususlar
Test sonuçları klinik bulgular, aile öyküsü ve diğer laboratuvar verileri bağlamında yorumlanmalıdır. Verilen bilgilerin yanlış veya eksik olması durumunda sonuçların yorumlanmasında hatalar meydana gelebilir.
Bir varyantın, insan genomundaki tüm genlerin işlevi hakkındaki bilgi eksikliğinden ve / veya bu genlerdeki varyantların etkisinden dolayı hastalığın temel nedeni olarak kabul edilmemesi olasıdır.
Bu test, tek nükleotid varyantlarını ve ekzom içindeki küçük eklemeleri ve delesyonları tespit etmek için tasarlanmıştır. Yeni nesil dizilemenin kısıtlamalarından dolayı, bu testle bazı varyantlar tespit edilmeyecektir (örneğin, bazı delesyonlar ve eklemeler, yapısal kromozom yeniden düzenlemeleri, poli ploid, konsensüs ek yeri dışındaki intronik varyantlar, tekrarlanan bölgelerdeki varyantlar, bölgelerdeki varyantlar) psöedogenes, mitokondriyal varyantlar ve diğer bilinmeyen anormallikler). % 25 mozaikçilikte bulunan novo mozaik varyantları, zamanın yaklaşık% 93’ünde tespit edilecektir. Ekzom ‘un yaklaşık% 95’i bu metodoloji ile elde edilmiştir.
Dolayısıyla, olumsuz bir sonuç, genetik bir bozukluğun tanısı olasılığını yok etmez.
Genomik kopya numarası varyantları değerlendirilmez veya güvenilir şekilde algılanmaz. Klinik ilgili kopya sayısı varyantlarının resmi değerlendirmesi için kromozom mikrodizi istenmelidir.
Belirsiz önemi olan DNA varyantları tanımlanabilir.
Geriye dönük 6 hafta içinde kan transfüzyonu (kan nakli) yapılan veya allojenik kan veya kemik iliği transplantasyonu (nakli) yapılan hastalar, donör DNA’nın varlığından dolayı yanlış genetik test sonuçlarına sebep olabilirler.
Bu testi yaptıran hastalar için, hem test öncesinde hem de sonuç alındıktan sonra, genetik danışma önerilmektedir.
Değerlendirme araçları sonuçların yorumlanmasında yardımcı olmak için kullanılabilir. Bu araçlar düzenli olarak güncellendiğinden, algoritmalarda yapılan değişiklikler zaman içinde belirli bir varyant için farklı tahminlerle sonuçlanabilir. Bu araçlar, patojenliğin saptanması için klinik olarak doğrulanmamıştır ve bu nedenle sadece varyant sınıflandırma için güvenilmemelidir.
Varyantların Sınıflandırılması:
Varyant nomenklatürü, genomik yapı GRCh37’ye (hg19) dayanmaktadır. Varyantlar genetik araştırma birliklerinin önerilerine göre değerlendirilir ve sınıflandırılır. Benign veya olası benign olarak sınıflandırılan varyantlar bildirilmez. Ek bilgi mevcutsa, varyant sınıflandırması zamanla değişebilir. Bu sırada, laboratuvarın tespit edilen ve rapor edilen varyantların sınıflandırmasını sistematik olarak yeniden gözden geçirmesi standart bir uygulama değildir. Sağlık hizmeti sağlayıcıları, belirli bir varyasyonun sınıflandırmasının zaman içinde nasıl değiştiğini öğrenmek için herhangi bir zamanda laboratuvara başvurma konusunda teşvik edilir.
Exome’un Yeniden Analizi:
İstanbul Laboratuvarının politikası, daha geniş genetik bilgideki değişiklikleri hesaba katmak için hasta sonuçlarını yeniden analiz etmeye devam etmektir. Hastanın test raporunda değişiklik yapılmasını sağlayan yeni bilgiler mevcutsa, laboratuvar düzeltilmiş bir rapor yayınlayacaktır.
